长期喝茵陈有一定的副作用，建议中病即止。

茵陈味苦性偏凉，有清利湿热、退黄疸的功效，中医临床上内服常用治疗黄疸性疾病，外用治疗湿疮瘙痒、流黄水，乃取其清热之功。因其性味偏苦，从中医学角度分析，长期服用味苦的药物能伤气败胃。

现代药理学研究，茵陈的主要成分为茵陈烃、茵陈酮及叶酸，长期服用可出现鼻塞、心律失常及恶心、呕吐等胃肠道症状，甚至出现面色潮红，严重时会出现头晕、胸闷及血压下降。