扁桃体恶性肿瘤主要的治疗方法是手术切除，手术后要根据患者的具体情况给予药物化疗或者是放射治疗。

在对扁桃体恶性肿瘤进行治疗时，首先要确定肿瘤的病理类型和临床分期，对于早期的扁桃体恶性肿瘤，或者是少量转移的肿瘤可以进行手术治疗，手术的同时要对周围的淋巴结进行清扫，根据具体的情况选择术后的具体治疗。

对于处于晚期的扁桃体恶性肿瘤，无法进行手术治疗，可以给予放射治疗使肿瘤的体积减小，改善患者的症状。