慢性肾盂肾炎多由反复或持续感染导致肾脏结构和功能受损，并以肾盂、肾盏形成瘢痕为主要特征。慢性肾盂肾炎的病因很多，部分患者在儿童时期曾有过急性尿路感染病史，经治疗后症状消失，但仍有无症状菌尿，到成年时逐渐发展为慢性肾盂肾炎。

而部分急性肾盂肾炎患者治愈后经尿道器械检查后而再次诱发感染，细菌引起的尿路感染未得到有效治疗迁延进展。

另外，尿流不畅和膀胱输尿管反流也是导致慢性肾盂肾炎的主要原因。目前认为，慢性肾盂肾炎主要涉及细菌致病力、机体抵抗力、炎症以及免疫反应等方面。