卵巢囊肿的手术还是有风险的，在女性卵巢囊肿的手术中，尤其是生育期的女性，双侧的卵巢囊肿，最关心的就是卵巢功能的问题及以后怀孕的机会。

1.卵巢囊肿的手术在行剥除囊肿过程中，多少都会损失卵巢的皮质功能，可能引起卵巢功能下降，会降低怀孕的几率。

2.卵巢囊肿剥除术后，因卵巢是存在的，存在术后有复发的风险。

3.因卵巢肿瘤分类多，卵巢囊肿不能排外恶性可能，所以需要手术后病理确诊。

对无生育的女性，尤其是绝经后的女性卵巢囊肿恶性情况较高的。这是对于女性卵巢囊肿中专科中的风险，手术还可能出现的风险有麻醉的意外，手术中或手术后出血，术后切口感染，愈合不良，术中因卵巢囊肿大可能会导致输尿管异位等造成输尿管，膀胱等器官的损伤，术后卵巢功能下降引起一系列综合症状等都是有可能的。但目前卵巢肿瘤手术甚至是恶性肿瘤手术都可以在腹腔镜下完成，手术很成熟，手术中一般风险较低的。对手术中卵巢功能的受损问题会尽量避免术中使用电刀、电凝等，但不可能完全避免的，一般一侧的卵巢囊肿对生育影响不大。