细菌性结膜炎和病毒性结膜炎，都可以导致患者出现眼红、流泪、异物感、结膜囊分泌物等。就结膜囊分泌物而言，病毒感染导致的结膜炎分泌物，多为水样分泌物。细菌感染引起的多为粘液、脓性分泌物。

由于感染的病毒不同，患者还可伴有其他特征性症状。比如咽结膜热的患者，除了眼部结膜炎表现以外，还可伴有耳前淋巴结肿大、急性扁桃体炎等症状。细菌性结膜炎患者还可出现伪膜。

两者可以通过结膜囊分泌物图片检查，帮助确诊。