咽旁脓肿的治疗若在感染初期，脓肿尚未完全形成时，多以消炎治疗为主，要防止炎症加重或者出现并发症。应遵医嘱服用足量抗生素，做足疗程治疗，可适量结合类固醇药物使用。并且还可对局部做热敷、理疗。

有脓肿形成后，除了要遵循上述治疗原则外，还需要行手术切开排脓，若是颈外路径，颌下及颈部的肿胀较为明显，以及脓肿的位置较深，或者伴有外耳道以及咽部出血，需考虑颈侧切开排脓。

对脓肿明显突向侧咽壁，但并未触及血管搏动，可经口路径切开排脓。