慢性肾盂肾炎的主要并发症包括肾乳头坏死、肾周围脓肿、感染性结石、革兰阴性杆菌败血症。此外，还包括高血压、慢性肾衰竭等。慢性肾盂肾炎一般多在停药后两个月内复发，因此在尿菌转阴停药后的2个月内要追踪观察,每月复查尿常规和尿细菌培养。若尿菌持续阴性，可以停药继续追踪观察。慢性肾盂肾炎的预后很大程度上取决于患者是否有导致发病的易感因素，另外还与是否及时有效的治疗有关。