甲状腺功能减退症会伴发一些精神系统的一个疾病。包括记忆力、注意力、理解力减退、反应迟钝、嗜睡、精神抑郁或烦躁、神经质、猜疑型精神分裂症、痴呆、幻想、木僵、昏睡、共济失调、眼球震颤等。

病因尚不清楚，有自身免疫学说、脑循环障碍学说以及发育缺陷学说三种学说。

首先，是自身免疫学说，在克汀病人血液中被证明有高效价甲状腺抗体，甲状腺功能减退。免疫作用的主要有淋巴细胞，提示b淋巴细胞和t淋巴细胞系统其抗原抗体产生异常。

二、脑循环障碍学说，甲状腺素不足或缺乏时，代谢发生障碍，使脑血流减少，血管阻力增大，氧耗量和葡萄糖耗量都减少，从而导致脑缺氧和糖代谢障碍，脑水肿可能与精神活动减退有关。

三、发育缺陷学说，患者脑的蛋白合成和脂肪合成异常，并有细胞发育不良和髓鞘形成的缺陷。