新生儿胃穿孔手术后是有可能会有后遗症的，因为手术后会导致局部组织形成瘢痕挛缩，从而导致胃缩小。如果胃穿孔的位置靠近幽门，就很容易出现胃潴留，但是如果靠近贲门，就很容易出现胃食管反流。

新生儿出现胃穿孔的时候，主要临床症状是出现呕吐以及进行性腹胀，还可能会出现呕血，一般情况差等，需要及时进行腹部影像学检查或者是胃镜检查明确。

建议及时进行手术治疗，避免出现严重的腹膜炎。