先天性甲状腺功能减退主要可以见于以下一些病因，像甲状腺发育异常、甲状腺缺如或发育不良、异位甲状腺、甲状腺激素合成障碍、胎儿期孕妇服用碘过多或者服用抗甲状腺药物。以及其它原因的先天性甲减，像胎儿自身免疫性甲状腺疾病，染色体畸形，如先天愚型特纳综合症等，以及胎儿风疹所引起的先天性甲状腺功能减低。

一旦确诊为先天性甲状腺功能低下，必须立即给予治疗，给予甲状腺素片终身替代治疗。并且要根据患儿的体重以及甲状腺激素的指标，来定期的进行甲状腺素片的剂量的调整，使甲状腺功能维持在正常范围之内。这样才不会进一步的影响患儿的生长发育以及智力发育。