胆管良性狭窄分为良性疾病导致胆管狭窄和恶性疾病导致的胆管狭窄两种。

良性疾病导致的狭窄包含肝移植后的胆管狭窄、硬化性胆管炎，以及胆管结石导致胆管狭窄，例如继发性的和原发性导致的硬化性胆管炎和化脓性胆管炎，以及与艾滋病相关的胆管病、缺血性的胆管病、胆总管囊肿、括约肌功能障碍等疾病，包括引起的肝门部胆管狭窄，这些都属于良性狭窄。

而恶性狭窄多见于肝门部的胆管癌、胆囊癌等，还有就是被淋巴结神经压迫导致的肝门部狭窄。