早上起来气短可能与呼吸系统疾病有关，比如慢性阻塞性肺气肿、慢性支气管扩张、慢性支气管炎等。这些疾病都有可能会受到动脉血氧饱和度不足的影响，从而出现早晨气短的现象。

另外，心源性疾病也会出现这种情况，比如扩张型心肌病、风湿性心脏病、先天性心脏病、肥厚型梗阻性心脏病、心脏瓣膜病、冠心病等。主要是冠状动脉供氧、供血不足导致。

如果同时伴随心悸、全身乏力，也不排除与心脏神经官能症有关。还有部分患者可因肾上腺皮质功能失调、甲状腺功能失调等内分泌代谢性疾病，引起早上起来气短的症状。