部分春季性结膜炎有一定的后遗症。如果春季结膜炎病症较轻，患者病情控制及时，护理得当，使得炎症面积未扩大，角膜未受损，结膜滤泡有效消减，一般不会出现明显的后遗症。

部分春季结膜炎患者症状相对严重，病情控制不及时，可产生一些后遗症。例如结膜滤泡增长，甚至可能会波及角膜，引起角膜基质炎。

部分患者还会出现角膜新生血管、角膜溃疡等症状，后期治疗相对棘手。也有部分春季结膜炎患者结膜乳头巨大增生，可引起上睑下垂。