小便刺痛流脓的常见原因之一是急性尿路感染，炎性分泌物从尿道口排出，即可见流脓以及小便刺痛感觉，是淋球菌感染的症状之一。结合不洁性行为史，收集脓性分泌物涂片化验检查，可明确诊断。

男性患有前列腺炎，也可导致尿道口脓性分泌物排出。该腺体感染后的炎性分泌物积聚于尿道，随着体位改变、尿道挤压，可明确观察到排出物。

女性阴道内感染形成的炎性分泌物，小便时随尿液排出，也可见脓性尿液排出。尿道口受到炎性刺激，也可表现为刺痛感觉。