如果扁桃体部位出现结石，首先会造成患者的扁桃体及身体不适。患者常常会表现出咽喉部位的异物感或梗阻感。且在有张嘴、咀嚼或者吞咽等动作的时候，有明显的疼痛感以及吞咽困难表现，或伴随有耳朵以及咽部的疼痛，导致患者不能正常地进食或者开口说话。

其次，扁桃体结石还会引发口腔内出现难闻的臭味，严重地影响正常的社交以及与他人的交谈，甚至还有可能造成自卑感的情绪出现。

第三，长时间的扁桃体结石，还有可能会诱发扁桃体炎或扁桃体周围脓肿等疾病反复发作。