肛门镜检查和肠镜检查相比之下，肠镜检查会更加痛苦。因为在进行肛门镜检查时，会在检查工具上涂上润滑油，然后将检查工具从肛门进入到直肠，检查的范围相对较小。如果患者没有肛裂或者痔疮的现象，一般不会出现明显的疼痛，有些患者可能会伴随肛门坠胀的症状。如果患者本身患有痔疮、肛裂等疾病，可能会出现轻微的疼痛，但是这种疼痛可以忍受。

而肠镜检查需要对整个肠道进行检查，在整个检查过程中，患者会出现明显的疼痛，同时还会伴随腹胀、腹痛、恶心、呕吐等症状，进而给患者带来较大的痛苦。但是这种痛苦大多数患者都可以忍受，因此患者不要过于担心。

如果难以忍受肠镜检查带来的痛苦，患者可以选择无痛肠镜检查。在检查之前，医生会在患者的体内注射麻药，整个检查过程患者不会感觉到任何的痛苦和身体不适，但是麻药过后，患者可能会出现腹胀的现象。