肠道气囊肿症的具体原因尚不清楚，多数学者认为胃肠道粘膜有破损时，肠道气体可自破损处进入肠壁。有慢性阻塞性肺部疾病者，气体可能自破裂的肺泡进入纵隔，并沿主动脉及肠系膜血管周围到达肠系膜、胃肠韧带和肠壁浆膜下。

也有些学者认为肠道气囊肿是由于肠壁淋巴管内细菌感染形成。

还有少部分学者认为与营养不良食物中缺乏某些物质或碳水化合物代谢障碍等导致肠腔内酸性产物增多，可能使肠粘膜通透性增加，酸性产物与肠壁淋巴管内碱性碳酸盐结合，产生二氧化碳气体，与血中的氮气交换而形成气体囊肿。