咽喉炎做核酸检测是不会误诊为新型冠状病毒肺炎的。如果咽喉炎的患者做核酸检测表现为阳性，说明患者咽喉部的症状是由于新型冠状病毒感染导致的。

对于新型冠状病毒感染，多数情况下会表现为发热、干咳、乏力的症状，但是也有一些患者的临床症状是不典型的，其中有一些患者可以表现为单纯的咽喉部的症状，是可以误诊为普通的咽喉炎的。

对于有新型冠状病毒肺炎相关接触史的患者，即使仅仅表现为单纯的咽喉炎，在这种情况下也是需要做核酸检测等相关检查，进一步排除新型冠状病毒感染的。