遗精后小便刺痛非常疼可能为前列腺炎所致，也可考虑刺痛与遗精没有直接联系；可能是存在尿路感染或龟头炎所引起的。应尽快到医院进行尿常规、前列腺液常规、前列腺彩超、泌尿系彩超予以检查确诊。

如果为前列腺炎，可口服前列舒乐、左氧氟沙星等进行治疗。

如果为尿路感染，应注意多饮水，勤排尿，通过尿液不断对尿道进行冲洗，可使症状得以减轻。必要时可进一步进行分泌物培养，对症选择敏感抗生素治疗。

如果为龟头炎，通常需要早晚对局部进行清洗，并涂抹红霉素软膏或达克宁软膏予以治疗。