怀孕四十几天出现肚子疼的原因有：

1.需要考虑是宫外孕引起腹痛的出现，这种情况需要积极处理，避免发生腹腔大出血的可能。

2.需要考虑是先兆流产引起宫缩导致腹痛的出现，一般就需要予以保胎处理。

3.如果是不全流产，就需要行清宫手术。

4.考虑是因为怀孕后，胃肠蠕动减弱，引起的消化不良，从而导致腹胀等情况的出现。

5.早孕期出现肚子疼，需要排除妊娠合并外科疾病，或黄体囊肿扭转等情况的发生，一般这种情况，就有可能需要手术处理。

因此，在怀孕早期出现肚子疼，需要引起重视，及时到医院进行检查及处理，避免病情加重。