新生儿泌尿系统感染主要是细菌感染，尤其是致病性大肠杆菌、链球菌最为常见。

如果患者有出现肠道感染性疾病时，也可能会通过淋巴系统感染患者的泌尿系统。如果患者本身就有泌尿系统的先天畸形，导致尿液排出不畅时，也是可以引起泌尿系统感染性疾病。

新生儿受到病原微生物感染后，可能会导致患者出现发热，通常为持续性发热，同时也会出现烦躁不安，以及腹部的包块。部分患者还会出现吃奶量少、哭声低并且体重不增，也可能会导致患者出现黄疸以及惊厥。