流感疫苗和新冠疫苗首先成分是不同的。前者是应用流感病毒或者某些成分制作而成的，而后者是应用新冠病毒或者某些成分制作而成的。

其次，作用不同。流感疫苗可以用来预防流行性感冒，而新冠疫苗可以用来预防新型冠状病毒感染。此外，虽然流感疫苗和新冠疫苗的作用不同，但是在疫情期间建议注射流感疫苗以及新冠疫苗，预防上述这些病毒的感染。

另外，也应该注意这两种疫苗建议间隔一段时间，不能够同时使用。