肛管癌的形成原因主要是局部的刺激导致局部组织变性，有以下几个原因：

1.是由于肛瘘及其瘘管周围的斑痕组织，长期受慢性炎症的刺激，导致恶变而形成的。

2.临床研究表明，慢性炎症性肠病也会刺激导致肛管癌发病率增加，比如溃疡性结肠炎、克罗恩病等等，有报道称炎性肠病患者肛管癌的发病率明显高于无炎性肠病患者。

3.近来也有报道称，男性同性恋患者的肛管癌发病率也会增加，所以说，肛门局部的炎症、损伤等等原因的刺激是主要发生原因。