肝内胆管结石的并发症，主要分为急性和慢性两大类。针对急性期并发症主要包括胆管内细菌感染，胆管炎，肝脓肿，以及伴随而来的感染相关症状如寒战，发热，腹痛等。一般来讲，这些并发症主要与结石的梗阻以及胆道的炎症浸润有关。慢性并发症主要是包括结石长期反复对胆管壁刺激造成的炎症和胆管狭窄的表现，患者单独出现胆管炎，进而出现营养不良、贫血。低蛋白血症等机体消耗的表现，肝内胆管结石的长期刺激，还可以形成导致肝叶的萎缩，胆汁性肝硬化以及门脉高压症，最终甚至导致肝脏癌变。