得了低位肛瘘需要到医院的肛肠科就诊，医生会询问相关病史，给予详细的体格检查，可以使用探针或者采用亚甲蓝试剂明确窦道，然后根据具体的情况，选择合适的治疗方案。

早期可以采取保守治疗的方法，比如规律的饮食，保持会阴部的卫生，口服抗炎药治疗，但一般都需要手术治疗。

手术过程中需要寻找到瘘道，可以切除窦道，也可以进行肛瘘挂线的中医疗法给予治疗，一般手术治疗才能彻底的根治。术后需要定期的换药、局部中药薰洗、红外线理疗，防止发生感染的情况，或者是假性愈合的情况。