便后肛门疼痛，首先考虑是肛裂引起的。排便时粪便刺激肛裂裂口或溃疡面，刺激裂口内的末梢神经，产生疼痛，疼痛会持续到排便后，产生撕裂样或刀割样疼痛。疼痛缓解后由于括约肌的痉挛，又会产生剧烈疼痛，疼痛时间更长。

内痔脱出肛门外，出现了嵌顿，痔核会出现肿胀和疼痛，排便后痔核受到刺激也会产生疼痛。

患有便秘，干硬粪便堆积在肛门直肠内，排便时会使肛门口过度扩张，损伤肛门，也会产生便后肛门疼痛。