若肛门疼痛可以忍受，可以行肠镜检查。但是疼痛难以忍受时，若非必要，建议暂缓肠镜检查。

肠镜检查时需要经肛门置入一条管道，如果患有肛门的疾病，例如痔疮或者肛裂等，会引起肛门剧烈的疼痛，可能会引起不良的后果或者影响检查的准确性。当肛门的疼痛尚可耐受时，可以行肠镜检查。如果肛门疼痛剧烈难以忍受，不是特别必要的肠镜检查，建议暂缓进行。

如果是紧急情况下需立即行肠镜检查时，可以在肛门局部喷洒麻醉药，待疼痛缓解后再行肠镜检查。或者直接静脉用麻醉药，行无痛肠镜检查。