注射乙脑疫苗后会发烧的原因是，乙脑疫苗不论是灭活疫苗还是减毒活疫苗，作为抗原刺激机体的免疫系统产生抗体，刺激免疫系统后可能会出现发热的反应，或者是疫苗过敏而导致的轻度过敏反应。

发热反应不局限于乙脑疫苗，其他的疫苗均可以出现发热的不良反应，是注射疫苗后的常见不良反应。乙脑疫苗发热以低度发热为主，体温在38℃以下，并且1-2天可以痊愈。

如果注射疫苗后仅为轻度发热，可以使用休息、物理降温、多饮水、温水擦浴等方法退热。如果患者温度较高可以使用退热药。乙脑疫苗的保护性较强，所以有轻度的不良反应也建议注射。