对于慢性淋菌性精囊炎，主要都是由于急性淋菌性炎症引起，主要是由于外界的淋球菌，通过尿道外口进入到尿道，侵犯前列腺，直至射精管精囊，从而导致急性淋菌性精囊炎发作。

如果患者没有进行彻底的治愈，长期以往会导致慢性淋菌性精囊炎的产生。这是其最主要的病因，而且由于其是性传播疾病，如果夫妻双方有一方患有，而并没有得到彻底的治疗，那么容易产生交叉感染，因此，如果一旦有一方确定是淋球菌感染，必须同时去泌尿外科进行就诊治疗。否则一方治疗治愈之后，那么由于不洁的性生活，仍然会导致交叉感染和迁延不愈。