眼皮下面长扁平疣可以采取激光治疗、药物治疗，具体的治疗方案，可以根据自身的情况决定。

1.激光治疗。扁平疣可以通过激光的方式去除或者冷冻的方式去除，比如通过二氧化碳激光或者液氮冷冻，对局部的毛囊结构破坏，干扰到局部的新陈代谢，达到扁平疣无法吸收营养物质的效果，从而会逐渐脱落。

2.药物治疗。眼皮下面长扁平疣大多数是出现人乳头瘤病毒感染，可以外用他扎罗汀乳膏涂抹，通过药物的涂抹能够促进表皮剥脱，同时也可以通过免疫细胞调节，起到抑制扁平疣生长的作用。

扁平疣去除以后需要做好防晒工作，长时间紫外线照射，可能会引起色素沉着。