肛门皮肤癌在临床上比较常见的有鳞状上皮细胞癌、基底细胞癌、一穴肛原癌。对于不同的癌症治疗的方法也不一样，比如对于鳞状上皮细胞癌，治疗方法需要按照肿瘤的部位、括约肌有无侵犯、腹股沟淋巴结有无转移而定，首选的方法为放化疗联合治疗。手术治疗适用于肿瘤体积较大，放化疗联合治疗后肿瘤残留和肿瘤复发。单纯放疗在有明显化疗禁忌症情况下采用，一般也不将化疗单独作为肛管癌的治疗方法。而对于基底细胞癌治疗，主要是以广泛性手术切除为主。而对于一穴肛原癌，治疗上如果肿瘤较大侵犯广泛者，可行否会阴联合切除，永久性结肠造口术。

肿瘤较小，没有明显浸润者，可以行局部切除加放疗及化疗。肿瘤小也可以不用手术，联合应用放疗和化疗。