肛瘘是可以通过药物治疗的。

肛瘘如果以改善症状为主要治疗目的，是可以通过药物治疗的，可以用清热解毒的中药坐浴，起到利湿清热、消肿止痛的作用。也可以结合口服抗生素控制炎症，缓解当前症状。无法及时做手术治疗，可以应用口服抗生素配合中药治疗。但是单纯依靠药物治疗肛瘘，起不到根本性的治愈作用，手术是治疗肛瘘的唯一方式。

因此，形成肛瘘后，如果有条件手术的，要及时做手术治疗，找到内口、瘘管。如果复杂性的肛瘘有多条瘘管和内口，要仔细探查，完全切除。术后再静脉点滴抗生素控制炎症，伤口消毒换药，促进伤口愈合。