打了流感疫苗后发烧，不排除是疫苗的不良反应。一般比较轻微，并且体温不超过38.5℃，适当注意休息并增加饮水量，通常2~3日内会自行缓解。

通常情况下，打了流感疫苗后，2~3周体内才会产生足够的抗体，从而起到保护作用。在此期间，同样还是有可能感染流感病毒，出现发热、头痛、乏力以及肌肉酸痛等症状，需要口服奥司他韦等抗病毒药物治疗。

除此以外，流感病毒的种类较多，并且还容易发生变异，流感疫苗只能预防部分流感病毒感染。