磁共振成像主要是用于诊断引起偏头痛的疾病。比如有脑内器质性病变，引起患者偏头痛时，可以检查核磁共振。比如颅脑肿瘤、脑寄生虫感染、脑出血和脑梗死，核磁检查均可以明确诊断。

偏头痛是一种症状，有可能是继发性，常见颅内器质性病变，也可能是原发性，主要建议偏头痛疾病和丛集性头痛，上述两种疾病的症状为反复发作。

丛集性头痛时症状较重，同时可能会出现眼结膜充血、鼻塞和流泪，偏头痛多数为波动性的头痛，脑核磁检查时为正常。