肝包虫囊肿的治疗方法，目前首先选择手术治疗。手术治疗主要是清除囊肿、防止囊肿内的液体外漏、防止囊肿对周围组织造成感染。常用的手术方法有囊肿切除术、囊壁引流术、肝部分切除术，但是具体的手术方法需要根据患者的病情严重程度，及囊肿的大小进行决定。

对于患有肝包虫囊肿的患者，如果手术风险比较大时对其他的组织影响范围比较广，也可以先使用驱虫类的药物，然后结合手术进行治疗。肝包虫囊肿治疗后，需要定期检查肝脏功能，避免一些诱发因素存在。