宝宝发烧后拉肚子的处理方法，需根据不同的情况采取不同的治疗方案：

1.普通的除消化道感染外，由其他系统感染引起的发热，继发腹泻需考虑为感染本身，或者是高热的毒素引起的腹泻症状。多数给予控制原发病、控制感染，退热后症状可缓解。

2.如果发烧和拉肚子就是由于细菌，或者是病毒引起的肠道感染而引发的，此时需根据大便病原检测和常规检测结果，给予针对性抗感染治疗。同时，需注意给予止泻、补液等对症治疗。

3.如果宝宝发烧后长时间应用了抗生素治疗，在病情恢复过程中出现了腹泻症状，大便次数多、稀水样、腥臭味，需考虑抗生素相关性腹泻，需给予止泻以及肠道益生菌治疗。