圆锥角膜典型的不难诊断，但病变早期临床表现不典型时，诊断比较困难。

目前最有效的早期诊断方法，就是进行角膜地形图的检查。检查会显示角膜中央地形图畸变、颞下象限角膜变陡峭，随着病变的进展，角膜陡峭依次扩张到鼻下、颞上、鼻上象限。对可疑的进行性近视、散光加深的青少年，应常规进行角膜地形图检查以除外圆锥角膜。

其他的检查方法还有角膜曲率计、视网膜检影等等。