睾丸畸形的类型不同，治疗方法也不一样，总体上分为药物疗法和手术疗法。

对于不太严重的隐睾疾病，应当使用绒毛膜促性腺激素等药物进行治疗，促进睾丸的发育。如果存在双侧的睾丸缺如，可考虑进行性激素药物替代治疗。如果双侧存在无睾症，主要是通过手术治疗，比如睾丸移植术或者睾丸假体植入术等。如果患有严重的睾丸萎缩、多睾症，或者是睾丸出现了恶变的情况，应考虑行睾丸切除术。

对于比较严重的隐睾症，也要通过手术进行治疗，比如睾丸下降固定术等。