肝囊肿分为先天性引起和后天性引起。先天性的肝囊肿包括单纯性肝囊肿和多囊肝。

单纯性的肝囊肿是指先天由于胆管细胞发育不良，使肝内出现清澈胆汁样液体，囊肿中含有的液体和胆管树有关。而多囊肝是一种比较罕见的常染色体显性遗传性纤毛病或胆管病，其特征是多发性的囊肿。

而后天性的肝囊肿是由于肝脏炎症、创伤、结石等原因造成肝脏组织的破坏，而后肝脏组织出现的一种囊泡样改变，而形成的肝囊肿。