宝宝在发烧的时候不肯吃药，可以采取以下一些方式去处理：

第一，如果是需要进行退烧处理。孩子不愿意吃退烧药，就可以用到对乙酰氨基酚栓或者吲哚美辛栓，从孩子的肛门塞入，都是具有退烧作用的。但是这两种药物如果需要使用，一定要在医生的指导下使用，因为有些孩子存在着蚕豆病，是不能够用这些药物的。

第二，如果孩子高烧特别严重，就需要通过静脉输注退烧药的方式进行退烧处理，可以静脉输注赖氨匹林，也是具有退烧作用的。

如果发烧原因已明确，也可以输入糖皮质激素来退烧处理。