科兴疫苗虽然接种后能够有效为机体产生保护性抗体，但并非所有小孩都可以接种。

比如，目前正处于感冒发热阶段的小孩是不能打科兴疫苗的，因为此时机体的免疫系统正处在对抗感冒病毒的状态中，若在此时接种科兴疫苗，会加重免疫系统的负担，使原有的临床症状更加严重，还有可能会引起身体虚弱、腹泻等现象。严重时还会造成疫苗接种失败，反而不利于身体健康。

另外，如果小孩患有癫痫，且目前病情控制不佳，也不能打科兴疫苗。除此之外，患有哮喘等任何疾病的小孩，只要处在急性发作期，都不能接种科兴疫苗。