显微镜可以看见痰液中的细菌。有部分细菌只需要使用常规的染色方法即可看见，部分细菌需要进行特殊染色才可以在显微镜下看见。例如处于活动期的肺结核患者痰液中往往存在结核杆菌，进行抗酸染色后可以在显微镜下看见，可以作为肺结核患者的确诊依据。

而显微镜下观察痰液，最常见的细菌一般是引起肺炎的肺炎链球菌和金黄色葡萄球菌等，可以作为肺炎治疗时选用合适抗生素的重要依据。

当然，如果可以对痰液进行细菌培养和药敏试验则更好。除了细菌外，肺寄生虫患者也可以在痰液中看见病原体。