始基囊肿的治疗主要以手术治疗为主，常用的手术方法有开窗减压术、囊中刮除术、负压吸引术、截骨术。

医生通常会根据患者的具体病情程度，来选择不同的治疗方法，患者在手术治疗后，还需使用药物进行辅助治疗。始基囊肿不但会造成骨质膨隆，还可能会导致牙齿移位、松动，甚至造成面部畸形，因此一旦患病后，应及早进行治疗。

始基囊肿经过正规有效的治疗后，绝大多数患者的肿胀或面部畸形的情况会明显好转，同时也避免了对牙齿的损害，可恢复正常的生活。