睾丸萎缩主要有两大危害，即生精功能和分泌激素的功能出现异常。

睾丸的组织结构，主要包括了由支持细胞组成的睾丸生精上皮和睾丸间质细胞组成的睾丸间质，这两部分的结构行使着这两大功能。其中，生精上皮主要负责精子发生和精子分化，对男性的正常生育功能起到了最重要的作用。睾丸间质主要分泌雄激素，以维持男性的性功能。当然，这之间也影响着精子的发生和成熟。

如果睾丸萎缩，一般可能会导致精子生成障碍，导致不育。雄激素分泌合成不足，影响男性的性功能。