对于真菌性甲沟炎的患者来说，通常临床主要给于患处应用抗真菌药物。对于应用偏方治疗的患者来说，因偏方方剂不明，可能出现的副作用也不是很明确。其可能出现的副作用有，真菌对药物的耐药性增强、治疗效果不明确、患处出现感染，并可能出现对肝肾功能的损伤等。

现在医学建议，应用通过临床试验的药物，因其治疗效果已得到临床验证，相对的副作用也是比较明朗，出现一些不良反应，可随时给予纠正。