双侧都有卵巢囊肿，需要在月经干净3天左右做B超确定囊肿的类型。如果是生理性的卵巢囊肿，来一次月经以后都可以自行消失或者是缩小，不需要进行特殊的处理。

病理性的卵巢囊肿会继续存在，只需要根据囊肿的大小，女性所出现的症状以及生育要求决定处理方法。如果囊肿在5cm以下，没有明显的症状出现，但是有生育要求需要及时进行手术剥离。

如果患者没有生育要求，没有明显症状出现，囊肿在5cm以下，不需要进行特殊处理。超过5cm以上是可以进行手术切除患侧卵巢。