女性月经总是不干净的原因有：药物影响、内分泌失调、怀孕出血。

1、药物影响：很多女性在同房期间会使用避孕药，然而避孕药会导致女性月经失调，从而出现月经不干净等现象。

2、内分泌失调：有些女性朋友身体功能不全，自然会导致子宫内膜发育延缓，所以会影响到月经异常。

3、怀孕出血：虽然女性怀孕之后不会再来月经，可是有些女性在怀孕初期也是会有月经的，并且周期长、月经量大，这也不排除是流产的可能。