早孕期间肚子疼的原因有：

第一，在早孕期流产会引起肚子痛。

第二，在早孕期，如果孕囊在宫腔外，考虑宫外孕、异常妊娠也会引起肚子疼。

第三，早孕期间，因胃肠蠕动减弱，进食过多，很容易引起腹部不适，从而也可以表现为肚子疼。

第四，早孕期间合并一些外科疾病，比如阑尾炎、胆囊炎、肾结石等都会引起肚子疼。

第五，早孕期间合并卵巢囊肿蒂扭转、盆腔炎等情况也会出现肚子疼。

因此，对于早孕期间肚子疼，要仔细地询问病史，根据引起的原因不同，予以不同的处理。