肛门急性化脓后应及时给予抗感染治疗，可先使用一些抗菌普广的药物，如头孢类的药物，最好是静脉滴注，这样起效快，治疗效果好，能有效的控制炎症。

化脓后可及时将脓腔切开排脓，如果脓腔与肛内相通，还应该行根治术，将内口找到并处理好。术中取一部分脓液进行细菌培养，还要做药物敏感试验，术后2~3天就能出结果，再根据药敏实验的结果，挑选敏感的抗菌药物。

这些措施都应该在医院内进行，所以在肛门急性化脓后，应及时到医院就诊，以防延误病情，导致感染加重。