卵巢冠囊肿，多数为良性的，首先是支持治疗，卵巢冠囊肿，有的可长期保持稳定而不发展，故小的卵巢冠囊肿不需要手术，可定期随访，如增大迅速或有症状再手术也不迟。同时检查对侧卵巢是否正常，结合患者年龄，决定是否保留生育功能。

其次为手术治疗，因其多发生于生育年龄妇女，故要求生育者可行囊肿剥出术，不要求生育者可行一侧输卵管切除，也有介入性超声穿刺治疗卵巢冠囊肿，但并未广泛普及。如果是恶性的，则需要根据不同情况采取不同的治疗方法。